La intervención en la independencia de la rama Judicial, por las ramas ejecutiva y legislativa del poder público, deja entrever la crisis de legitimidad que enfrenta la justicia colombiana. El proceso de justicia y paz que se establece con el paramilitarismo y la expedición por el Congreso de la República de la Ley de Justicia y Paz, sin que se cumplan los estándares internacionales de derechos humanos, así como los actos presidenciales de ataque a la independencia judicial son los desafíos más grandes que enfrenta la administración de justicia.