En el presente artículo se examina el estado actual del Sistema Nacional de Innovación colombiano (SNCTI) a partir de su conceptualización, la definición de actores, estructura, dinámicas, e indicadores de desempeño. Igualmente se hace una descripción de la evolución que se ha tenido del mismo, desde la ley 29 de 1990 que configuró el Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología (SNCYT), hasta la ley 1286 de 2009, donde se da el nuevo marco en que el SNCYT y el SNCTI se fusionan; lo anterior acompañado de una descripción de los avances, debilidades y propuestas de mejora al sistema -SNCTI-. En este sentido, la primera parte del artículo se dedica a brindar un marco conceptual con base en el desarrollo histórico de las relaciones ciencia-política y su conceptualización en los años ochenta del siglo XX desde una perspectiva latinoamericana, mientras que la segunda parte del artículo describe el sistema, su estructura, actores, relaciones, y el desarrollo del mismo en el país, revelando sus fortalezas, progresos y debilidades.