Este artículo presenta una nueva metodología para lacorrección de línea base, el alineamiento de picos, la eliminación de ruido y la clasificación de datos electroforéticos (DER). Las técnicas matemáticas usadas fueron: corrección linea base L2, análisis wavelet,alineamiento Nedleman and Wusch y análisis multi energía que fue utilizada con el propósito de ubicar información importante en los aminoácidos presentes en los datos electroforéticos. Adicionalmente,este artículo evidencia que es posible corregir la línea base, eliminar ruido y alinear datos electroforéticos sin cambiar sus características originales de energía y formas de onda. Se utilizaron 35 señales, en las cuales el porcentaje de error en cuanto a corrección de línea base fue de 0%, en alineamiento fue de 1.23%, y de clasificación fue de 3.5±1.2.Finalmente, se muestra que es posible utilizar esta metodología sin importar las características de las señales originales, lo que permite que sea un sistema de múltiples soluciones en los datos electroforéticos,cromatográficos y otros.