Se evaluó la variación de la biomasa de rotíferos en los ejes longitudinal y vertical de la zona fótica de los embalses La Fe y Riogrande II (Antioquia), Colombia, con diferentes estados tróficos, durante los periodos de alta y baja precipitación. Además, se analizó su relación con las variables temperatura, oxígeno disuelto, pH, transparencia, nutrientes y con la biomasa fitoplanctónica. La biomasa de rotíferos fue dominada por Asplanchna girodi De Geurne 1888, en los dos embalses y fue significativamente mayor en el embalse de menor trofía. Aunque la biomasa de rotíferos no mostró un gradiente longitudinal significativo, sí presentó zonación vertical dentro de la zona fótica, con mayor biomasa en el 10 y 1% de incidencia lumínica. Los patrones de variación de la biomasa total de rotíferos y de las especies dominantes estuvieron determinados principalmente por el ingreso de sólidos suspendidos en el embalse de mayor trofía y por la biomasa y la densidad del fitoplancton en el embalse con menos nutrientes. A diferencia de lo esperado, la biomasa de los rotíferos no fue favorecida por condiciones de mayor estado trófico, ya que el factor preponderante sobre la expresión de biomasa fue la calidad de los recursos alimenticios en cada embalse.