Inumeros metodos sao utilizados para calcular indices de integridade biotica (IIB) em diferentes regioes do mundo. Esse trabalho teve por objetivo calcular o indice de Integridade Biotica (IIB), para uma area estuarina no Sul do Brasil, a partir de dados da comunidade de peixes e avaliar suas flutuacoes ao longo dos anos. Neste estudo foram estabelecidos quatro pontos para amostragem da ictiofauna, no estuario Saco da Fazenda em Itajai-SC, em coletas mensais realizadas entre maio/2012 a abril/2013. As amostras foram triadas e os especimes identificados ate o nivel taxonomico de especie. O valor obtido para o Indice de Integridade Biotica incluiu 11 atributos, em quatro graus de degradacao ao longo de um ano de amostragem. Os valores do IIB foram calculados e classificados em diferentes niveis para reconhecer suas variacoes temporais e espaciais. Foi calculado tambem o IIB utilizando os dados historicos (2000 a 2005), para mostrar as alteracoes em comparacao com as investigacoes de campo recentes. O resultado para os anos de 2000-2002 indica uma integridade biotica pobre, sendo regular para os anos de 2003-2005 e regredindo para pobre nos anos de 2012-2013.