Los protocolos de descontaminación de instrumental quirúrgico o equipos de diagnóstico por técnicas de inmersión en desinfectantes fueron creados con el objetivo de disminuir la adquisición y diseminación de infecciones del sitio quirúrgico. La problemática relacionada con la resistencia que ejercen las bacterias a los antibióticos se ha extendido al uso de desinfectantes en cirugía, los microorganismos también han sido capaces de evadir su acción, tanto así que en la actualidad muchas cepas hospitalarias, presentan una resistencia cruzada a la acción de desinfectantes y antibióticos. De manera que es importante considerar los factores intrínsecos o adquiridos que están relacionados con la contaminación de estas sustancias biocidas, sin dejar de lado algunos factores externos relacionados.