Realizar la descripción genética (frecuencias génicas [FG], genotípicas y haplotípicas) del sistema HLA (Human Leukocyte Antigen) en una población resulta de gran relevancia porque este conocimiento tiene implicaciones en áreas de la ciencia como en la antropología (migración, mestizaje, etc.), los trasplantes, transfusión de plaquetas, genética de las enfermedades, genética forense, desarrollo de vacunas de nueva generación, entre otras. Al finalizar una investigación en la que se determinan las frecuencias génicas o de otro tipo, éstas se deben comparar con las frecuencias estimadas previamente para la población local general, pero en muchos casos, como lo es en la población del sur de Colombia, estos datos no existen. El significado que la caracterización poblacional tenga desde el punto de vista funcional y/o práctico depende de la perspectiva investigativa desde la cual se aborde; no obstante, resulta obligatorio iniciar la descripción de las frecuencias genéticas de la población, porque esta base de datos será de mucha utilidad en futuras investigaciones y permitirá hacer posteriores injerencias tras los hallazgos, sobre el comportamiento de las enfermedades a lo largo de la historia en la región. El objetivo de esta investigación fue determinar las FG, genotípicas y haplotípicas de tres sistemas del complejo HLA, previamente tipificados mediante reacción en cadena de la polimerasa, empleando cebadores de secuencia específica (PCR-SSP). Las FG HLA-A, B y DRB1 más frecuentes (>10%) fueron: A*24 (22%), A*02 (17%), B*35 (15%), B*44 (10%), DRB1*04 (18%) y DRB1*13 (11%). Todas ellas corresponden a los alelos más frecuentes reportados en poblaciones colombianas y latinoamericanas.