OBJETIVO: Describir y comparar las frecuencias de los fenotipos de resistencia bacteriana de microorganismos obtenidos de pacientes en unidades de cuidados intensivos (UCI) y otros servicios de hospitalización (no UCI) públicos y privados de alta complejidad de Colombia. MÉTODOS: Estudio observacional, analítico, retrospectivo y multicéntrico, en el cual se consolidaronlos registros de los aislamientos bacterianos y los fenotipos de resistencia bacteriana de los microorganismos obtenidos de pacientes atendidos en UCI y no UCI de 79 hospitales públicos y privados de alta complejidad en el período de enero de 2007 a diciembre de 2009. La información se analizó con el programa WHONET® versión 5.5 (OMS) de acuerdo con las recomendaciones del Instituto de Estándares Clínicos y de Laboratorio 2009 y se resumió en un formato de extracción de datos en Excel®. Se realizó un análisis descriptivo en el cual se calcularon proporciones. El análisis de tendencias se realizó mediante la prueba de correlación de rangos de Spearman. RESULTADOS: Las tendencias de los fenotipos de resistencia bacteriana de 2007 a 2009 muestran un comportamiento incremental en la proporción de Enterococcus faecium resistente a vancomicina, Klebsiella pneumoniae resistente a imipenem y a ciprofloxacina, Escherichia coli resistente a ceftazidima, y Enterobacter cloacae resistente a cefotaxima (ρ = 1, P < 0,01) y una disminución de la proporción de los fenotipos E. coli resistente a ciprofloxacina, K. pneumoniae resistente a ceftazidima, Staphylococcus aureus resistente a oxacilina, y Pseudomonas aeruginosa resistente a ceftazidima y a ciprofloxacina (ρ = -1, P < 0,01). CONCLUSIONES: El análisis de tendencias presentado en este estudio constituye la línea de base para el establecimiento de un subsistema nacional de vigilancia epidemiológica. Las tendencias observadas muestran que la resistencia bacteriana a los antimicrobianos en el ámbito hospitalario es un fenómeno dinámico en Colombia y son evidencia de la emergencia de los fenotipos Efavan y Kpnimp en los hospitales.