ANTECEDENTES: La reforma en salud en Colombia tuvo un profundo efecto en los programas de salud publica. Los cambios en la estructura organizativa y en las actividades de intervencion en las acciones de control de la tuberculosis (TBC) fue provocado por el surgimiento de nuevos actores en la prestacion de servicios, el diseno de nuevos planes de salud, la diversificacion y ambiguedad de responsabilidades y la descentralizacion del sistema. OBJETIVO: Conocer las percepciones que tienen actores clave del control de la tuberculosis acerca de los efectos generados por la implementacion del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS) de Colombia. MATERIALES Y METODOS: Se presentan los hallazgos cualitativos de un estudio de caso. La tecnica de recoleccion de informacion fue la entrevista semi-estructurada. En total se entrevistaron 15 informantes clave, todos personal de salud responsables de las acciones de control de la tuberculosis en el ambito nacional, departamental y local. RESULTADOS: Los efectos negativos mas relevantes de la implementacion del SGSSS en las acciones de control de la TBC fueron: falta de voluntad politica, corrupcion en el manejo de los recursos, pobre destreza en el desarrollo tecnico-administrativo, deficiencia del Estado en las actividades de supervision a nivel local, inadecuado cumplimiento del Estado en sus obligaciones administrativas y financieras. La diversificacion de las fuentes de financiacion para salud fue descrita como factor facilitante porque incrementa la distribucion de los recursos en las acciones de control. DISCUSION: La reduccion del papel del Estado en las actividades de regulacion y control fue percibido como el principal efecto. La introduccion de nuevos actores en la entrega de servicios de salud y el aumento de la distribucion de los recursos en las acciones de la TBC no dieron los efectos positivos esperados y la cantidad y calidad de las acciones se redujeron.