Este artículo presenta una metodología y los resultados obtenidos de un proyecto de actuación multidisciplinar en una relación universidad-empresa para favorecer la innovación. Desde la universidad participaron profesores y estudiantes de los Programas de Ingeniería Electrónica e Ingeniería Industrial, y la empresa fue una cooperativa de cultivadores de café orgánico llamada Asociación ACOC, ubicada en el centro del Valle del Cauca en Colombia. Se plantearon dos hipótesis para el proyecto, la primera: el trabajo multidisciplinar genera mejores resultados en la solución de problemas de las pequeñas empresas porque contempla el problema en una forma sistémica; la segunda: el trabajo independiente de cada disciplina una vez identificada la problemática técnica provee resultados satisfactorios para el conjunto del problema. La primera hipótesis fue verificada y la segunda se verificó parcialmente. Se concluye que las relaciones universidad-empresa con un aporte tecnológico multidisciplinar mejoran significativamente el trabajo de la pequeña empresa. La empresa debe involucrarse de manera activa para que los resultados perduren en el tiempo y la visión sistémica de los problemas fortalece el trabajo de las pequeñas empresas