A partir de la lamina foliar se obtuvieron 12 aislamientos de Mycosphaerella fijiensis provenientes de zonas plataneras y bananeras de Colombia, estableciendo cultivos monosporicos para purificar y evitar sobrelapamientos del hongo. Se extrajo el ADN a partir del micelio y tejido foliar infectado mediante el protocolo de Goodwin & Lee y Gilbertson & Dellaporta, obteniendo un ADN de buena calidad. Se amplifico la region ITS mediante iniciadores universales y especificos mostrando productos de amplificacion de 233 pb para ITS A (iniciador 1 + iniciador 2), una banda de 360 pb para el ITS B (iniciador 3 + iniciador 4), una banda de 593 pb para el ITS C (iniciador 1 + iniciador 4) y un amplificado de 1080 pb con la combinacion del iniciador especifico MF 137 y R635. A la vez, se determino la variabilidad genetica por la tecnica de RAPD´s generando productos de amplificacion entre 280 pb – 2115 pb y bandas comunes entre los aislamientos obtenidos. Se determino una similaridad genetica de los aislamientos de Norte de Santander y el aislamiento de Merida en un 70% con respecto a los de Santander, Antioquia con un 48% y 35% respectivamente. Palabras clave : ITS´s, Mycosphaerella fijiensis, RAPD, Sigatoka negra, cultivos monosporicos