OBJETIVOS: Identificar aspectos del hospedero, del parásito y del ambiente asociados con ocurrencia de malaria por Plasmodium falciparum complicada. MÉTODOS: Estudio de casos y controles en pacientes de Tumaco y Turbo (Colombia) aplicando los criterios de complicación de la Organización Mundial de la Salud. RESULTADOS: Entre noviembre 2002 y julio 2003 se captaron 64 casos (malaria complicada) y 135 controles (malaria no complicada). Las complicaciones fueron: hiperparasitemia (40%), falla hepática (36%), síndrome dificultad respiratoria aguda (7%), falla renal (4%), trombocitopenia grave (3%), anemia grave (2%), malaria cerebral (2%) e hipoglicemia grave (1%). Se encontraron como factores de riesgo para malaria falciparum complicada: a) Los antecedentes de malaria falciparum durante el último año fueron menores en los casos (OR= 7.0 (1.2-43.6) P=0.019); b) Mayor uso previo de antimaláricos en los casos (OR=2.2 (1.1-4.4) P=0.031) y c) mayor uso de cloroquina en los casos (OR=7.4 (1.1-7.8) P=0.017). Se hallaron los alelos MAD-20 y K1 del gen msp1 y FC-27 e IC-1 del gen msp2, cuya distribución de frecuencias fue similar entre casos y controles, aunque el alelo K1 mostró una variación importante entre grupos (casos: 9.4%, controles: 3.5%). La frecuencia de "signos de peligro" fue significativamente mayor en los casos (OR= 3.3, (1.5-7.4) P=0.001). Los criterios de complicación malárica de la Organización Mundial de la Salud se comparan con otros y se discuten algunas implicaciones. CONCLUSIÓN: Se identificaron como factores de riesgo para malaria falciparum complicada, la ausencia de antecedentes de malaria falciparum en el último año y el uso de antimaláricos antes de llegar al hospital.