Objetivo Determinar los perfiles de resistencia bacteriana y los canales endémicos en 14 instituciones de tercer nivel. Métodos Población. Bogotá-Colombia, 14 hospitales pertenecientes al Grupo para el Control de la Resistencia Bacteriana de Bogotá (GREBO). A partir de la información obtenida de los laboratorios de microbiología de los centros participantes (métodos automatizados y manuales), se creó una base de datos usando los programas BacLink 2.0 y Whonet 5.3, durante los años 2001, 2002 y 2003. Los perfiles de susceptibilidad fueron hallados acordes a las normas de la nCCLS (2003). Se realizó un análisis descriptivo de los diferentes marcadores de resistencia y se determinó el canal endémico de la resistencia para los hospitales, utilizando los puntos entre los percentiles 25 y 75 %, para cada mes durante el periodo de estudio. Resultados Se analizaron 84664 aislamientos. Los más frecuentes fueron Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Staphylococcus coagulasa negativo, Klebsiella pneumoniae y Pseudomonas aeruginosa. La resistencia para los años 2001, 2002 y 2003 fue respectivamente: S. aureus meticilino resistente: 41 %, 48 %, 48 %; Staphylococcus coagulasa negativo resistente a oxacilina: 75 %, 73 %, 72 %; E. faecium vancomicina resistente: 14 %, 9 %, 3 %; K. pneumoniae resistente a cefalosporinas de tercera generación: 37 %, 25 %, 23 %; P. aeruginosa resistente a imipenem: 24 %, 22 %, 17 %; P. aeruginosa resistente a ciprofloxacina: 46 %, 46 %, 35 %, A. baumannii resistente a imipenem: 11 %, 29 %, 39 %. Los canales endémicos evidenciaron la problemática de la resistencia bacteriana, esta se centró en la presencia de S. aureus meticilino resistente y en el marcado incremento de la resistencia de A. baumanni a imipenem. Conclusiones Se destacan los altos porcentajes de resistencia para todos los marcadores de impacto epidemiológico a nivel hospitalario especialmente en Unidades de Cuidado Intensivo.