Los indicadores basados en la citacion son reconocidos por la comunidad cientifica para evaluar la calidad de las revistas cientificas. Colombia tiene un sistema de clasificacion de revistas denominado Indice Bibliografico Nacional (IBN)/Publindex. El objetivo del estudio es evaluar el impacto de las revistas de salud colombianas segun Google Scholar Metrics (GSM), SciELO y SCOPUS, comparado con la clasificacion del IBN para el periodo 2007-2011. Al analizar las revistas por el indice H de GSM, encontramos que entre las revistas peor clasificadas por Publindex, “C”, existen publicaciones con mayor index H5 y mediana de H5 que revistas mejor clasificadas por el IBN, “B” y “A2”. Existen revistas, como la colombiana de Anestesiologia, que sin estar en el IBN tiene mas factor de impacto de SciELO que varias revistas “A1” del IBN. Existen revistas indizadas en Scopus que a pesar de ser del cuartil 3 (Q3) son clasificadas como “A2” por el IBN, pero son revistas del Q4 que el IBN clasifica como “A1”. Esto muestra que la clasificacion de Publindex no es consistente con los indicadores de impacto de una revista en tres sistemas de evaluacion: GSM, Scopus y SciELO, tal como ha sido previamente sugerido por otros autores. Se requiere mejorar la clasificacion de Publindex y que esta tome en cuenta parametros de citacion e impacto para que la calidad reflejada en indicadores internacionales sea consistente con la clasificacion nacional.