En el presente artículo hacemos un recorrido en torno a la investigación cualitativa en Educación y planteamos cómo se enfrenta a una realidad caracterizada por políticas neoliberales que sumen a la universidad en la cultura de las auditorías. Estas condiciones de trabajo suponen para los investigadores —más en el caso de los noveles— presiones del sistema y de interpretación de su propia labor que conducen a dejarse llevar por el régimen establecido o a despertar el espíritu crítico y tratar de cambiarlo.