La fiebre en los niños es causa de muchas consultas con profesionales en salud comprometiendo principalmente a menores de 5 años y frecuentemente con etiología desconocida por profesionales y cuidadores. Objetivo: Determinar la etiología del síndrome febril agudo en niños de 1 mes a 5 años atendidos en el servicio de urgencias del Hospital Universitario Hernando Moncaleano Perdomo de Neiva entre julio de 2012 y junio de 2013. Materiales y métodos: Se llevó a cabo un estudio descriptivo, prospectivo en el Hospital Universitario Hernando Moncaleano Perdomo de Neiva, durante el periodo comprendido entre Julio de 2012 a Junio de 2013, en niños de 1 mes a 5 años, que ingresaron al servicio de urgencias pediátricas, a quienes se realizaron pruebas de laboratorio necesarias, incluyendoprueba rápida dengue, (lgG/lgM + NS1 Ag) y Elisa IgM PANBIO®, panel viral respiratorio y rota-test. Los datos fueron almacenados en hoja de cálculo de Excel, analizadosen el programa SPSS versión 20. Resultados: Del total de niños, 650 fueron incluidos. Se dividieron en dos grupos, uno con síntomas respiratorios (total 261) y otro sin síntomas respiratorios (total 389), distribuidos por orden en frecuencia así: Infecciones del tracto respiratorio, primer lugar, seguido por dengue, enfermedad diarreica aguda, infección tracto urinario, infecciones de piel y tejidos blandos y enfermedades exantemáticas. Conclusiones: Las infecciones virales se constituyen como la principal etiología del síndrome febril agudo en niños menores de 5 años.