Objetivo. Medir la diversidad y estructura genetica en poblaciones de gatos domesticos (Felis catus) mediante marcadores de pelaje en el municipio de Monteria (Colombia). Materiales y metodos. Se realizaron muestreos aleatorios de enero a junio del ano 2014, en animales adultos presentes en seis barrios de Monteria, donde se caracterizo fenotipicamente cada animal; la nomenclatura utilizada esta en concordancia con el COMMITTE ON STANDARDIZED GENETIC NOMENCLATURE FOR CATS (1968). Las caracteristicas geneticas presentadas en este estudio son: el locus ligado al sexo Orange (O) y los loci autosomicos Non-agouti(a), Blotched tabby (Tb), Dilution (d), Pelo largo (l) Manchado de blanco (S) y Dominante blanco (W). Los parametros geneticos poblacionales: frecuencia alelica, diversidad genetica, equilibrio Hardy-Weinberg y estructura poblacional fueron calculados a traves del programa PopGene 1.31; la estructura genetica y la distancia genetica se evaluaron mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2. La elaboracion del dendrograma se realizo empleando el programa MEGA 5. Resultados. El gen Manchado de blanco mostro la mayor frecuencia mientras el marcador Dominante blanco presento los valores mas bajos de las frecuencias alelicas. Se registraron bajos niveles de variabilidad genetica a nivel global y poblacional, asi mismo, se obtuvo una escasa diferenciacion genetica entre las poblaciones, acompanado de un elevado flujo genico; se observo un exceso de homocigotos a nivel subpoblacional y a nivel poblacional, no hubo equilibrio Hardy-Weinberg en todas las poblaciones con relacion a los marcadores Orange y Manchado de blanco. Conclusiones. Las poblaciones se encuentran muy relacionadas geneticamente, situacion que puede obedecer a su cercania geografica, ademas se evidencio una posible seleccion natural y artificial de los marcadores Orange y Manchado de blanco.