En este artículo se discuten algunos aspectos teóricos y metodológicos de la zooarqueología y la tafonomía en relación con el desarrollo de estas disciplinas en Sudamérica. Particularmente, se tratan cuestiones relacionadas con las escalas de análisis, las aproximaciones teórico-metodológicas sobre el papel de los procesos tafonómicos y el comportamiento humano, y la interacción entre tafonomía y zooarqueología. Estos temas son abordados en el marco del estado actual de estas disciplinas y en el contexto de las particularidades de las faunas Neotropicales.