Objetivo Estimar la relación entre conocimientos, actitudes y prácticas (comportamientos) de riesgo en la sexualidad juvenil y la estructura y percepción de funcionalidad familiar. Metodología Se realizó un estudio observacional de corte trasversal entre 13 699 adolescentes (10 a 19 años de edad) de 12 colegios públicos de la localidad de Suba. Se aplicó una encuesta autodiligenciada donde se interrogó por conocimientos, actitudes y comportamientos sexuales y la estructura y percepción del funcionamiento familiar. Resultados Edad media de los adolescentes 13,5 años. Prevalencia de relaciones sexuales de 17 %. El 8 % de los hogares presentan disfunción severa y 39 % son nucleares incompletos. Las mujeres tienen menos relaciones sexuales que los hombres (OR 0.53; IC 95 %; 0.47-0.59). Se presenta más relaciones sexuales cuando los adolescentes perciben de manera disfuncional a su familia (OR 2.06; IC 95 %; 1.72-2.48). Conclusiones Es más importante la percepción de función familiar que la estructura como factor de riesgo en la sexualidad de los jóvenes.