Objetivo: evaluar el efecto de un programa de ejercicio de tres semanas sobre variables cardio-respiratorias en un grupo de estudiantes de Medicina de la Universidad de Boyacá.Metodología: tipo de estudio, experimento controlado aleatorizado. Un grupo de 100 estudiantes de tercer semestre de Medicina, sedentarios, se aleatorizó por medio de tabla numérica. Los sujetos del grupo experimental (n= 44) hicieron ejercicio (trote) por media hora diaria durante tres semanas. El grupo control (n= 56) continuó con sus hábitos sedentarios habituales. Después del periodo de tres semanas, todos los estudiantes realizaron la prueba de ejercicio de Course-Navette. Se registraron las variables frecuencia cardiaca, frecuencia respiratoria, presión arterial diastólica y sistólica, saturación parcial de oxígeno y capacidad vital tanto en reposo como en el periodo post-ejercicio inmediato. También se registraron el consumo de oxígeno máximo y la velocidad durante la prueba. Se hicieron comparaciones de las variables antes y después del ejercicio. Resultados: se encontraron diferencias estadísticamente significativas en las variables presión arterial diastólica (p<0,045), frecuencia cardiaca (p<0,05) y consumo de oxígeno máximo (p<0,05) entre los dos grupos después del ejercicio, siendo mayores los valores de las tres variables en el grupo que no hizo ejercicio. Conclusiones: la rutina de ejercicio (trote) durante tres semanas, atenúa los cambios de frecuencia cardiaca, presión arterial diastólica y consumo de oxígeno en una población joven sana con hábitos basales de sedentarismo.