Lilaea scilloides (Juncaginaceae) es una especie acuática de humedales temporales. Es una herbácea anualemergente que va desde Canadá hasta Argentina. Tiene reproducción sexual y asexual y es polinizada por viento. Suheteromorfismo floral es notorio con 5 diferentes tipos de flores. Se planteó la hipótesis de que, debido a su polinización,amplio intervalo de distribución y abundancia local, tendría alta diversidad genética, baja endogamia, baja diferenciacióngenética y alto flujo génico. Los objetivos de este estudio fueron determinar la diversidad y estructura genética de L.scilloides y compararlas con especies con características ecológicas y de historia de vida similares. Se analizaron 40individuos en cada una de las 12 poblaciones con la técnica de electroforesis de isoenzimas en geles de almidón. Losresultados muestran baja diversidad genética dentro de las poblaciones (A= 1.77, Ae= 1.15, P= 56.6, Ho= 0.064 y He=0.103), altos índices de endogamia (FIS= 0.288), baja diferenciación genética entre las poblaciones (FST= 0.077) y altoflujo génico (Nm= 4.42). Se encontró evidencia de altos niveles de propagación clonal. Los resultados indican que lareproducción asexual es extremadamente importante, así como la posibilidad de que L. scilloides presente hidrofilia, untipo de polinización no registrado para la especie.