Para hacer ver las limitaciones que tiene el ateoricismo de los procesos de formación de jóvenes investigadores, el autor muestra el estado de la discusión sobre la presencia de los intereses ético-políticos del investigador en su práctica de investigación. Esto con el fin de brindar elementos de juicio para el análisis crítico de los programas de formación de los jóvenes investigadores. Con base en los textos clásicos, el autor analiza las dos grandes tradiciones en materia de concepción del método científico, con énfasis en las ciencias sociales, y sus implicaciones. De modo específico contrasta el punto de vista del racionalismo crítico de K. Popper y la teoría crítica en las obras de J. Habermas. El autor concluye mostrando la necesidad de asumir los interese etico-políticios de la investigación en un dialogo abierto que haga visibles los procesos ideológicos y los intereses políticos que subyacen a la producción de conocimiento.