La transformación del sistema de salud colombiano a partir de la Ley 100/1993 planteó nuevos conflictos éticos a los médicos. Como parte de una tesis doctoral cuyo objetivo general era comprender las tensiones que emergen entre los tipos de clima ético organizacional y los conflictos éticos que se presentan a médicos y enfermeros en tres instituciones prestadoras de salud (IPS) de Bogotá, se propuso identificar y describir los conflictos éticos que se presentan a los médicos y la manera como los resuelven, para que fuera posible indagar si desde los comités de ética pueden resolverse estos conflictos, como ha sido sugerido por algunos bioeticistas. Para ello se realizaron 23 entrevistas a médicos que laboraban en tres centros hospitalarios con servicios de alta complejidad de Bogotá: uno público, uno privado y uno de un régimen especial. Los resultados sugieren la presencia de conflictos de interés, por una parte, y conflictos de obligación que se expresan como dilemas éticos y angustia moral, por otra. Con base en ello, se formulan recomendaciones para la formación profesional, la investigación y los comités de ética hospitalarios.