Se compara la producción de á-amilasa termoestable a partir de almidón, empleando una cepa autóctona de Thermus sp ., en cultivo discontinuo con células libres e inmovilizadas en 3% p/v de alginato de sodio. La producción se llevó a cabo en medio PAP2 modificado por la adición de almidón de maíz a 3.024g/l. Los resultados obtenidos en el fermentador, reportaron mayor eficiencia debido a la configuración geométrica; concentración de la fuente de carbono, oxigenación y temperatura; lo que permite mejor aprovechamiento del sustrato. La máxima producción de alpha amilasa se obtuvo con células inmovilizadas en fermentador con 1l de caldo de cultivo (cultivo fluidizado), a las 24 horas de fermentación (360.97UA/min l y 149.09 de actividad específica), vs., 60.31UA/min l y 18.40 de actividad específica, obtenida en fermentador con 10l de volumen de trabajo a las 14h. Es importante resaltar de este trabajo, que por primera vez en Colombia son utilizadas células inmovilizadas de Thermus sp ., para la producción de alpha amilasa termoestable.