La existencia de brechas salariales por genero es un fenomeno que, al igual que en muchos otros paises, esta presente en el mercado laboral colombiano.Esas brechas no son homogeneas en todo el territorio, lo que justifica un analisis detallado de lo que ocurre en cada una de las regiones del pais. Los resultados muestran diferenciales de salarios positivos en favor de los hombres en la mayoria de las ciudades principales. Sin embargo, no todo este fenomeno puede ser atribuido a la existencia de discriminacion, por cuanto existen variados factores que explican parte de la brecha salarial. Para identificarlos se emplea la descomposicion de Blinder-Oaxaca (BO) en el contexto de regresion por cuantiles. Los resultadosde la aplicacion de esta metodologia sugieren que las brechas salariales no estan explicadas por los atributos observables de los individuos. Dichas disparidades son en su mayoria explicadas por el efecto de las diferencias en la remuneracion de atributos tales como la educacion, ademas de elementos no observados. Por ciudades,el estudio muestra patrones que revelan una mayor brecha salarial en las regiones perifericas en comparacion con Bogota, Cali, Medellin, Manizales y Pereira.Dado que el efecto remuneracion comprende, entre otros, la posible existencia de discriminacion por genero, es importante que se le otorgue la debida atencion a este resultado para efectos de formular politicas en este sentido.