Objetivo Comparar las coloraciones Ziehl-Neelsen modificada (ZNm) y Safranina modificada (Sm) en la detección de ooquistes de C. cayetanensis en muestras de materia fecal . Metodología Se analizaron 100 muestras de materia fecal que fueron evaluadas previamente por coprológico directo y por concentración, posteriormente se realizaron las coloraciones ZNm y Sm para cada una de las muestras. Para la comparación de las dos técnicas se hicieron análisis estadísticos tomando como prueba oro el examen directo. Resultados Se encontró una sensibilidad y especificidad del 95 % y 98 % para ZNm y del 90 % y 100 % para Sm respectivamente. El índice Kappa fue de 0,93, correspondiendo a un muy buen grado de concordancia entre las dos coloraciones. Conclusiones Debido a la alta sensibilidad y especificidad encontradas en este estudio para Zm y Sm y al alto grado de concordancia entre ellas, cualquiera de las dos coloraciones puede ser utilizada para el diagnóstico de rutina de C. cayetanensis.