Hemos adelantado una investigación que se pregunta por cómo se reconfiguran los órdenes locales en los territorios de mayor confrontación armada en Colombia y por las posibles razones subyacentes a tal reconfiguración, entre 1991 y 2010. Este artículo presenta los marcos conceptuales y metodológicos construidos específicamente para realizar dicha investigación bajo los parámetros de una metodología comparativa. Presentamos entonces el problema y el enfoque de la investigación, la tipología propuesta para la comparación de los órdenes locales en medio del conflicto y el procedimiento utilizado para obtener posibles explicaciones acerca de las trayectorias locales en el marco de la tipología. Finalmente, se muestra los resultados comparados obtenidos a partir de esta metodología y las perspectivas que esta experiencia deja abierta para futuras investigaciones.