RESUMEN: Introducción: El diagnóstico de lupus eritematoso sistémico neuropsiquiátrico (LES-NP) se basa en las características clínicas, utilizando la nomenclatura y descripción de caso del Colegio Americano de Reumatología 1999; sin embargo, la falta de especificidad de estos síndromes hacen difícil el diagnóstico. Objetivo: Identificar moléculas en perfiles proteicos del líquido cefalorraquídeo de pacientes con LES-NP, con expresión diferencial, que podrían utilizarse como biomarcadores para el diagnóstico. Metodología: Se utilizaron 26 muestras de líquido cefalorraquídeo de 5 grupos, LES-NP y 4 grupos controles. Las herramientas utilizadas para la ejecución de este trabajo incluyeron electroforesis bidimensional para la obtención de perfiles proteicos, uso del software Image Master Platinum 2D para las comparaciones y el software Graphpad Prism versión 6.0 para el análisis estadístico. Resultados: Análisis comparativos y estadísticos revelaron 3 spots con expresión diferencial, al comparar pacientes LES-NP con los otros grupos de estudio. Discusión: Las técnicas utilizadas para la ejecución de este trabajo de investigación permitieron la identificación de un blanco de estudio para la búsqueda de biomarcadores en LES-NP, los cuales podrían ser utilizados como ayuda diagnóstica/pronóstica de la enfermedad.