Desde hace más de treinta años, en Colombia se han empleado los fitolitos como indicadores paleobotánicos dentro de la investigación arqueológica y paleoecológica. A pesar de ello, la mayoría de estudios realizados exhiben un patrón muy limitado de alcances y resultados que denota falencias de orden metodológico, cuyo impacto inhibe su propio desarrollo y el de sus disciplinas más cercanas. A partir de la consulta de una base de datos bibliográfica y de las experiencias documentadas por el autor, se revisaron los estudios que han registrado el hallazgo, aplicación o análisis de fitolitos en Colombia, reconociendo varios inconvenientes conceptuales y procedimentales relacionados con cuatro aspectos críticos de este proxy: la taxonomía, la afinidad botánica, los procesos tafonómicos y las colecciones de referencia. Las ideas obtenidas de la revisión sugieren que un manejo distinto y más adecuado de estos aspectos, permitirá superar los principales percances metodológicos y trascender algunas de las restricciones intrínsecas de los fitolitos.