En este trabajo, se determino la topografia de almidones termoplasticos (TPS) agrio de yuca y nativo de papa, mediante microscopia de fuerza atomica (AFM), durante un periodo de 120 dias de almacenamiento. Mezclas de almidones agrios (fermentados) de yuca y nativo de papa, y glicerina, se procesaron en un extrusor de husillo sencillo. Laminas de TPS agrio de yuca (SCTPS) y nativo de papa (NPTPS), se observaron y midieron por AFM (en modo contacto). Sus superficies mostraron incremento en rugosidad y partes lisas solo a altos contenidos de plastificante, pero SCTPS siempre tuvo menor rugosidad que NPTPS, debido a la fermentacion natural del almidon agrio. Estos cambios se relacionaron con el tamano, la forma del granulo y particularmente con el contenido de plastificante. Los NPTPS de mayor rugosidad presentaron separacion de fases a los 120 dias, dada la retrogradacion de las moleculas del almidon, que tienden a formar cristalitos. Estos resultados indican que el almidon agrio de yuca puede retardar la retrogradacion de almidones termoplasticos, lo cual es importante durante el desarrollo de nuevos empaques biodegradables.