Bei einem signifikanten Teil der Morbus-Crohn-Patienten entwickeln sich im Krankheitsverlauf Komplikationen, wie das Auftreten von Fisteln und/oder Stenosen. Symptomatische, perianale Fisteln sollten zunächst drainiert werden, bevor eine antientzündliche Behandlung eingeleitet wird. Antibiotika, wie Metronidazol, wirken zunächst symptomatisch, ein dauerhafter Fistelverschluss wird hiermit jedoch nicht erreicht. Hierfür stehen Azathioprin/6-Mercaptopurin sowie insbesondere anti-TNF-Antikörper zur Verfügung. Diese Medikamente führen bei kontinuierlicher Gabe bei rund 50% der Patienten sowohl zu einem initialen als auch andauernden Fistelverschluss. Chirurgisch kann eine Versorgung mittels Seton-Faden, Fistelexzision, Fistel-Plug oder Mukosa-Flap durchgeführt werden. Als ultima ratio kommen eine temporäre Ileostomie oder eine Rektumresektion infrage. Nicht-perianale Fisteln erfordern häufig ein chirurgisches Vorgehen. Stenosen können mittels antientzündlicher Medikamente (wenn sie entzündlicher Genese sind), Ballondilatation oder Chirurgie behandelt werden.