Se evaluaron las comunidades de peces y se realizó una caracterización del sustrato arrecifal en las islas del Rosario por medio de censos visuales, para determinar la posible relación entre estas dos variables. Se registraron un total de 106 especies de peces y cinco unidades ecológicas de paisaje coralino (UEPC), con algunas diferencias entre las estaciones insulares y los bajos externos, debido a variaciones en la estructura del sustrato, factores ambientales e influencia antrópica. Los valores más altos de riqueza, abundancia y diversidad se encontraron en una combinación de las UEPC Corales mixtos (Cmix), Montastraea (Mon) y Octocorales-Corales mixtos (Oct-Cmix), observadas principalmente en el Bajo Tortugas. Una mayor investigación es necesaria para ampliar el conocimiento sobre la diversidad de peces en los ecosistemas costeros y los factores ecológicos que condicionan su distribución.