ABSTRACT RNA-Seq is nowadays the method of choice for the sequencing of transcripts and transcriptomes in the field of molecular biology and gene expression assays. Until recently, this technique has allowed for the sequencing of RNA transcripts in an unprecedented scale and depth never reached in previous years; nevertheless, the reach and validity of the conclusions generated will depend strictly on an adequate experimental design and a robust analysis of the data. Given the inherent differences between prokaryotes and eukaryotes, the RNA-Seq analysis should take into account the type of organism studied. In this review we present the main factors to take into consideration when designing a consistent analysis for this type of data in prokaryotes, from the experimental design to the in silico analysis of the generated data. ANALIZANDO DATOS DE RNA-Seq EN PROCARIOTAS: UNA REVISION PARA NO EXPERTOS RESUMEN La secuenciacion de transcritos con RNA-Seq es hoy en dia una de las tecnicas mas populares en los estudios transcriptomicos. Relativamente reciente, esta tecnica ha permitido la secuenciacion de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras tecnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseno experimental hasta el analisis bioinformatico de los datos. Dadas las diferencias en el proceso transcripcional de las celulas eucariotas y procariotas, el analisis de RNA-Seq debera tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revision se exponen los principales factores a tener en cuenta para lograr un analisis de RNA-Seq consistente, replicable y concluyente, enfocandose especificamente en organismos procariotas