Antecedentes. En la relacion medico paciente la empatia es esencial para constituir una buena practica clinica, ya que valora la capacidad de ponerse en el lugar del otro y por lo tanto permite comprender la situacion de adversidad del paciente y actuar acorde con las circunstancias. En el caso de la medicina alternativa esta capacidad hace parte de los fundamentos epistemologicos que sustentan las diferentes areas de enfasis. Objetivo. Caracterizar el nivel de empatia de los medicos con experiencia en medicina alternativa en las areas de Homeopatia, Medicina Tradicional China y Acupuntura, Terapia Neural y Osteopatia. Materiales y metodos. Estudio descriptivo correlacional realizado en el periodo entre Julio y Enero de 2013, mediante el diligenciamiento de una encuesta estructurada con la Escala de Empatia Medica de Jefferson (JSPE), adaptada para la poblacion. Posteriormente se categorizacion y correlacionaron los puntajes de empatia obtenidos con las variables sociodemograficas expresando los resultados en frecuencias y promedios con sus respectivos intervalos de confianza. Resultados. El puntaje general de empatia en los medicos con experiencia en medicina alternativa que participaron en el estudio fue en promedio de 124,81, con un rango entre 94-140, una mediana de 127 y DS de 9,93, observandose mayor frecuencia y puntaje en individuos de genero femenino, sin diferencia estadisticamente significativa respecto de la poblacion masculina. Conclusiones. Los niveles de empatia en los medicos con formacion en medicina alternativa son similares a los registrados en medicos especializados en psiquiatria, medicina familiar, medicina interna y pediatria, quienes registran los mejores estandares empaticos para la relacion medico paciente.