OBJETIVO: Presentar los aspectos morales en conflicto en los procesos de toma de decisiones clínico-administrativas dentro del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS) de Colombia. MÉTODOS: La investigación se llevó a cabo entre 2007 y 2009 en seis ciudades colombianas (Barranquilla, Bogotá, Bucaramanga, Leticia, Medellín y Pasto), según una metodología cualitativa basada en la teoría fundamentada. Se realizaron 179 entrevistas en profundidad a médicos, personal de enfermería y administradores con amplia experiencia en el sector de la salud, y 10 grupos focales con usuarios y líderes de organizaciones comunitarias vinculadas a la salud. Las entrevistas, con preguntas semiestructuradas y según una guía elaborada previamente, recababan información personal y profesional. RESULTADOS: En el proceso de toma de decisiones en la atención en salud en Colombia se identificaron elementos de dos morales enfrentadas: la rentista, caracterizada por la axiología neoliberal de la economía de mercado (práctica) y otra fundamentada en la axiología constitucional (normativa) del Estado social de derecho. Predomina el enfoque utilitarista e individualista y se promueve el lucro individual y empresarial por encima del interés colectivo; esto favorece prácticas que contravienen los derechos de las personas y la comunidad. CONCLUSIONES: El predominio de la moral que responde al modelo de mercado en el SGSSS colombiano genera condiciones adversas a los principios y valores que deben orientar el sistema de salud como garante del derecho a la salud y la dignidad humana. Para la toma de decisiones en salud es necesario tener en cuenta, además de los elementos técnicos y científicos, los principios y valores que están enfrentados y reflexionar sobre ellos para su legitimación.