Las aguas residuales de mataderos industriales de ganado vacuno y porcino son los vertimientos liquidos que impactan los sistemas de alcantarillados sanitarios y los cuerpos receptores, con cargas organicas que representan en poblaciones pequenas y medianas hasta el 80% del aporte contaminante municipal, por esta razon se construyo, opero y evaluo a escala laboratorio un sistema de tratamiento en serie conformado por un Filtro Anaerobico de Flujo Ascendente (FAFA) inoculado y un reactor secundario aerobico de Discos Biologicos Rotatorios (Biodiscos), comprobandose que este sistema permite tratar estas aguas residuales industriales con buenas eficiencias en la remocion de Materia Organica (92 - 97% DBO5 y 87.72 - 94.5 % DQO) con TRH entre 3.33 y 2.10 dias, con cargas organicas volumetricas (COV) aplicadas sobre el FAFA entre 2.62 y 6.3 Kg. DQO total/m3-d y entre 2.25 - 6.32 gDQO total/m2-dia aplicadas sobre los Biodiscos (TRH = 1.33 - 2.11 dias), realizando aceptables remociones de Coli-fecales > al 97% (FAFA: 78%; Biodiscos: 88.8 - 95%).