Se presenta una guía basada en la evidencia para el diagnóstico de disfagia en niños. Se llevó a cabo una búsqueda de artículos indexados entre enero de 1996 y diciembre de 2007 en las bases de datos Medline, Lilacs y el registro Cochrane. Se hizo restricción por idioma a publicaciones en inglés y español y, por edad, solo se incluyó a la población pediátrica. Se complementó la exploración con artículos incluidos en la bibliografía de artículos primarios y citados en revisiones no sistemáticas. La estrategia de búsqueda produjo 605 artículos de los cuales se seleccionaron 58. El análisis de la validez de los artículos y el grado de recomendación se hicieron por consenso entre los investigadores. El desarrollo de la guía se basó en el instrumento AGREE (Appraisal of Guidelines Research and Evaluation) y en el modelo GRADE del Colegio Americano de Médicos del Tórax (Grading Strength of Recommendations and Quality of Evidence in Clinical Guidelines).El enfoque diagnóstico del niño con disfagia debe partir de la sospecha clínica. La anamnesis y el examen físico deben preceder a cualquier actividad diagnóstica. Se encontró que en niños con alta sospecha clínica de disfagia debe complementarse la evaluación clínica con la videofluoroscopia (Recomendación 1C), que es el estándar de oro para confirmar la presencia de aspiración o penetración de la vía aérea (Recomendación 1A). El ultrasonido es el método de elección en niños con disfagia asociada a anormalidades de la lengua. (Recomendación 1C). La electromiografía se puede utilizar como una prueba de tamizaje para niños mayores de cinco años con alteración de la musculatura facial (Recomendación 2B). La resonancia magnética nuclear es útil en pacientes con sospecha de lesiones cervicales que alteran la dinámica de la deglución (Recomendación 1C). Se concluye que los estudios diagnósticos disponibles tienen deficiencias metodológicas que no permiten hacer recomendaciones de mayor grado de validez.