ABSTRACT A methodological proposal for estimating environmental flows in large projects approved by Agencia Nacional de Licencias Ambientales (ANLA) in Colombian rivers was developed. The project is the result of an agreement between the MADS and the Universidad Nacional de Colombia, Bogota (UNC). The proposed method begins with an evaluation of hydrological criteria,continues with a hydraulic and water quality validation, and follows with the determination of habitat integrity. This is an iterative process that compares conditions before and after the project construction and allows to obtain the magnitude of a monthly flow that, besides preserving the ecological functions of the river, guarantees the water uses downstream. Regarding to the biotic component, the proposal includes the establishment and monitoring of biotic integrity indices for four aquatic communities (periphyton, macroinvertebrates, riparian vegetation, and fish). The effects that flow reduction may produce in the medium and long term can be assessed by these indices. We present the results of applying the methodology to several projects licensed by the MADS. RESUMEN Se presenta una propuesta metodologica para estimar los caudales ambientales en grandes proyectos licenciados por la Agencia Nacional de Licencias Ambientales (ANLA) de Colombia, resultado de un convenio interadministrativo suscrito entre el ahora Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible (MADS) de Colombia y la Universidad Nacional de Colombia, Bogota (UNC). El metodo propuesto parte de garantizar criterios hidrologicos, continua con una validacion hidraulica y de calidad del agua, sigue con la determinacion de la integridad del habitat, en un proceso iterativo que requiere evaluacion para las condiciones antes y despues de la construccion del proyecto y que permite establecer un caudal que, ademas de conservar las funciones ecologicas del rio, garantiza los usos del recurso aguas abajo. Especificamente dentro del componente biotico, la propuesta incluye la determinacion y monitoreo de indices de integridad biotica para cuatro comunidades acuaticas (perifiton, macroinvertebrados, vegetacion riberena y peces), a fin de hacer un seguimiento a los efectos que puede producir la reduccion del caudal a mediano y largo plazo. Se presentan los resultados de la aplicacion de la metodologia en varios proyectos licenciados por el MADS.