El establecimiento de un sistema de alerta temprana de contaminacion en los recursos hidricos tiene un efecto muy importante en la proteccion de la calidad del agua. Durante este estudio se realizo un analisis de la calidad del agua en la Cienega de la Virgen despues de la operacion del sistema de marea estabilizada (Bocana). Durante los anos 2006-2010 se monitorearon parametros como DBO5, OD, fosforo y coliformes totales. Los resultados muestran que solo el punto 30 cumple con todas las metas establecidas. Sin embargo, el OD estuvo dentro del limite establecido en los cuatro puntos evaluados. Los valores de coliformes totales en los puntos 2 y 7 estuvieron por encima de los limites. En conclusion, es urgente mejorar la gestion de descarga de aguas residuales, la principal fuente contaminante en este cuerpo de agua de estuario.