Analizar las tasas de similitud y variabilidad genetica entre las accesiones cultivadas elite y especies silvestres del genero Rubus con marcadores moleculares AFLP en fincas con cultivos comerciales de Rubus glaucus Benth, pertenecientes a cuatro asociaciones de cultivadores de mora en los municipios de Pamplona y Chitaga (Norte de Santander, Colombia). Se evaluaron individuos de 15 accesiones de R. glaucus que habian sido previamente seleccionados mediante mecanismos de seleccion participativa en fincas comerciales y tres especies silvestres (R.adenotrichus , R.bogotensis y R.rosifolius) . Se emplearon 3 combinaciones de cebadores de AFLPs previamente reportados como polimorficos y reproducibles para Rubus, con el proposito de analizar el patron molecular de las plantas de cada accesion seleccionada. Se efectuo un analisis de agrupamiento y un analisis de coordenadas principales con AFLP, que permitio agrupar las diferentes accesiones por su semejanza o disimilitud. Para el analisis de agrupamiento se utilizo el indice de similitud de Dice y el algoritmo de agrupamiento jerarquico UPGMA. Se contabilizaron 194 marcadores, 34,16% de los cuales fueron polimorficos. Estos resultados, alcanzados por primera vez en la region nororiental de Colombia (Provincia de Pamplona) en Rubus , son importantes ya que representan el primer estudio sobre el conocimiento de la diversidad genetica de Rubus en la region de Pamplona. Adicionalmente se determino la huella genomica de genotipos elite de R. glaucus seleccionados por mecanismos de seleccion participativa, contribuyendo a los programas de mejoramiento genetico de la mora de castilla y al manejo sostenible de la diversidad genetica en Colombia y en la region Andina.