ABSTRACT The composition and abundance of phytoplankton community, and its relation to physical and chemical factors was evaluated in the fluvial-lagoon systems Pom-Atasta (PA) and Palizada del Este (PE), in February, 2011. Water samples were collected in ten sampling sites in each lagoon, with a van Dorn bottle at the surface and in the middle of the water column to measure temperature, salinity, dissolved oxygen, inorganic nutrients, chlorophyll a and the composition and abundance of phytoplankton. In order to describe the behavior of phytoplankton it was calculated species abundance, Shannon-Wiener diversity and Pielou equitability indices were used, and to analyze the relationship between the abundance of phytoplankton species and environmental variables, a canonical correspondence analysis (CCA) was applied. The results showed that PE was the lagoon that presented a great biodiversity with 348 identified taxa, maximum abundance values (269 × 103 cells L-1), H’ (3.2) and J’ (0.95). Cylindrotheca closterium was the most abundant species in both systems, observing the highest abundance (52.5 × 103 cells L-1) in PA, forming incipient toxic algal blooms. It should be noted that salinity was the most influential environmental variable in the composition and abundance of phytoplankton. RESUMEN Se evaluo la composicion y la abundancia de la comunidad fitoplanctonica y su relacion con los factores fisicos y quimicos en los sistemas fluvio-lagunares Pom-Atasta (PA) y Palizada del Este (PE). En febrero de 2011, se recolectaron muestras de agua, tanto en la superficie como a medio fondo, en diez sitios para cada laguna, utilizando una botella van Dorn, para medir la temperatura, salinidad, oxigeno disuelto, nutrientes inorganicos, clorofila a, y la composicion y abundancia de la comunidad fitoplanctonica. Para describir el comportamiento del fitoplancton se calculo la abundancia de las especies, el indice de diversidad de Shannon (H’) y la equidad de Pielou (J’). Para analizar la relacion de la abundancia de las especies con respecto a las variables ambientales se aplico un analisis de correspondencias canonicas. Los resultados mostraron, que PE fue la laguna que presento la mayor diversidad de especies, con 348 taxa, y los valores mas altos de abundancia (269 × 103 cels L-1), de H’ (3,2) y de J’ (0,95). Cylindrotheca closterium fue la especie mas abundante en los dos sistemas, presentando su mayor abundancia (52,5 × 103 cels L-1) en PA, formando incipientes florecimientos algales no toxico. La salinidad fue la variable ambiental que mas influyo en la composicion y abundancia del fitoplancton.