Las microalgas son la materia prima mas promisoria para la produccion de biodiesel ya que alcanzan contenidos de hasta un 80% en peso seco de aceites o carbohidratos dependiendo de la especie, que pueden ser utilizado en la produccion de biocombustibles, ademas requieren menos superficie para su cultivo en comparacion con otras materias primas como el maiz y la soya. En este trabajo se aplico la metodologia de sintesis y analisis de procesos (ASP) a la etapa de cosecha del proceso de produccion de biodiesel a partir de microalgas. Se realizo una revision bibliografica de las alternativas para cosechar microalgas luego se evaluo y selecciono el mejor metodo de acuerdo a los criterios categorizados desde el punto de vista economico, impacto ambiental, seguridad, flexibilidad y controlabilidad. Posteriormente se realizaron balances de masa y energia y se estimo costos energeticos, de materia prima y de cosecha. Finalmente se determino que la aplicacion de un sistema de floculacion quimica con agitacion hidraulica seria un metodo promisorio para cosechar microalgas en procesos a gran escala, con un requerimiento energetico de 21.88 kwh/ton de biomasa, un costo por materia prima de $ US 2345.2/h y un costo de recoleccion de la biomasa de $US 0.06/m3 de caldo de cultivo.