Resumen Objetivo Evaluar el efecto del ejercicio fisico sobre los niveles de las subpoblaciones HDL, enzima lecitina-colesterol acil-transferasa y la proteina transportadora de esteres de colesterol en estudiantes de Medicina. Metodo La poblacion se dividio de manera voluntaria en 2 grupos: ejercicio y no ejercicio. Se midieron perimetro abdominal e indice de masa corporal, subfracciones de HDL 2 y HDL 3 por precipitacion ionica, y enzima lecitina-colesterol acil-transferasa y proteina transportadora de esteres de colesterol mediante Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay (ELISA). Resultados El perfil lipidico de riesgo aumento en ambos grupos: las HDL, HDL 3 y HDL 2 disminuyeron en ambos grupos, pero solo las HDL 2 lo hicieron de forma significativa en el grupo que realizo ejercicio. La lecitina-colesterol acil-transferasa y la proteina transportadora de esteres de colesterol permanecieron sin cambios significativos. Sin embargo, en el grupo que hizo ejercicio hubo disminucion estadisticamente significativa de HDL 2 y lecitina-colesterol acil-transferasa, en las mujeres. Conclusiones El ejercicio logra modificar algunas variables como el perimetro abdominal, el indice de masa corporal y las HDL 3 . Estas modificaciones son dependientes del genero, pero, a pesar de la intervencion de 3 meses con un programa de ejercicio, este no logra reducir los factores de riesgo lipidico en esta poblacion de estudiantes de Medicina, debido a que su entorno hace muy compleja la respuesta metabolica al ejercicio.