Este estudio trata del diagnóstico y detección del nuevo virus de la leprosis de los cítricos tipo 2 citoplasmático (CiLV-C2) en muestras colectadas en los departamentos del Meta y Casanare, mediante técnicas moleculares RT-PCR realizadas sobre tejido vegetal y ácaros vectores Brevipalpus phoenicis (Geijskes). Para las pruebas de detección RT-PCR se utilizaron los iniciadores específicos MP y CPG. Con los iniciadores CPG, se logró la detección del CiLV-C2, en muestras de tejido vegetal con síntomas de leprosis en frutos y hojas de naranja valencia (Citrus sinensis L.) y hojas de Swinglea gluinosa Merr., lo cual confirma la presencia de este virus en Colombia. Los iniciadores MP no detectaron el virus CiLV-C2 en ninguna de las pruebas realizadas. La técnica RT-PCR permitió detectar el virus CiLV-C2 en muestras de ácaros vectores B. phoenicis, cuando se utilizaron los iniciadores específicos CPG. La detección molecular del CiLV-C2, mediante la técnica RT-PCR, se constituye en un instrumento fundamental para el diagnóstico del virus en Colombia y debe ser usada en los programas de detección y prevención de la leprosis de los cítricos en el país.