La malaria es una enfermedad causada por Plasmodium sp., y en Colombia anualmente se registran aproximadamente 160.000 casos donde el 75% son producidos por P. vivax y 24% por P. falciparum. El diagnostico molecular se realiza mediante PCR anidada que es una amplificacion general seguida de una especifica, utilizando dos pares de cebadores diferentes. En este trabajo se comparo la sensibilidad y especificidad de la PCR anidada con la PCR convencional para identificar P. vivax y P. falciparum en ADN de sangre de pacientes. Como muestra se seleccionaron 18 pacientes identificados mediante gota gruesa como positivos para malaria. En el aislamiento del ADN se utilizaron 3 protocolos: Heidari, Chelex ® 100 y Kit comercial de Promega. En la PCR anidada y convencional se emplearon cebadores que identifican P. falciparum y P. vivax. El resultado de las amplificaciones obtenidas con la PCR convencional fueron similares a las obtenidas con la PCR anidada, demostrando que poseen la misma especificidad y sensibilidad, lo que permite concluir que la realizacion de la PCR convencional es suficiente para el diagnostico de P. vivax y P. falciparum , reduciendo tiempo y costos en la identificacion. La PCR es el mejor metodo para el diagnostico de Malaria, por ser mas sensible y especifico, comparado con la prueba rapida y el examen microscopico de gota gruesa, permitiendo detectar la presencia del parasito en las primeras fases de la enfermedad, cuando su carga parasitaria es minima, y ademas otorga la posibilidad de identificar casos de infecciones mixtas.