La utilizacion de aceites esenciales (AE) para combatir bacterias que pueden afectar al hombre resulta una alternativa eficaz, economica y de menor impacto ambiental que la utilizacion de compuestos quimicos sinteticos. Por medio de este estudio se quiere determinar cual de las dos especies en estudio y que metodo de extraccion del aceite es el mas adecuado para obtener un efecto antibacteriano que garantice la eliminacion de las bacterias de interes alimentario seleccionadas. Con la finalidad de lograr este objetivo se procesaron hojas secas y hojas frescas de las especies de Eucalyptus seleccionadas en tres zonas del municipio de Pamplona y el AE se obtuvo por dos metodos de extraccion: Arrastre con vapor (AV) e hidrodestilacion asistida por radiacion de microondas (HDMO), obteniendo el mejor rendimiento (4%) a partir de hojas secas de E. globulus recolectadas en la zona 2, por el metodo AV. Al evaluar el efecto antibacterial de los aceites de las especies E. globulus y E. camaldulensis se encontro actividad frente a las cepas Staphylococcus aureus , Escherichia coli , Salmonella enteritidis , Bacillus subtilis y Enterococcus faecalis . Utilizando la tecnica de Cromatografia de Gases de Alta Resolucion (GCAR) se identificaron doce componentes mayoritarios: 1,8-Cineol o Eucaliptol (77-82%), α-Pineno, Limoneno, α-Terpineno, α-Copaeno, Guaiol, α-Felandreno, β-Terpinen-4-ol, Linalol, α-Terpineol, Mirceno y β-Selineno. Por medio de las tecnicas de difusion en disco y microdilucion en caldo se pudo evidenciar que el AE extraido a partir de hojas secas, Zona 2, de E. globulus es el que mayor efecto antibacterial presenta obteniendose menores Concentraciones Minimas Inhibitorias (CMI) frente a las bacterias Gram-positivas .