Resumen.-El gen nosZ, el cual codifica para la reducción de N 2 O a N 2 , fue usado para estudiar la estructura de las comunidades desnitrificantes en la zona de mínimo oxígeno frente a las costas de Chile y Perú, a través del polimorfismo de los fragmentos largos de restricción terminal (PFLRT) y clonamiento de los genes nosZ.El análisis del PFLRT mostró poca diversidad de genes nosZ en las profundidades subóxicas (núcleo de la zona de mínimo oxígeno-ZMO) comparado con las profundidades donde el O 2 varío ampliamente (límite superior de la zona de mínimo oxígeno o LSZMO).Las comunidades desnitrificantes-nosZ presentaron diferencias en su estructura entre localidades geográficas y tiempo de muestreo sugiriendo asociación con la variación en las condiciones ambientales.El análisis de correspondencia canónica indicó que los parámetros ambientales seleccionados como variables predictoras (N 2 O, O 2 , NH 4 + y NO 2 -) explicaron bien las diferencias en la composición de la comunidad nosZ entre sitios de muestreo.El análisis filogenético mostró poca diversidad de secuencias nosZ y agrupó