Objetivo. Describir la maloclusión transversal en pacientes con fisura completa labiopalatina unilateral, considerando su extensión, su relación con la preferencia masticatoria y con el desarrollo de las estructuras óseas mandibulares. Método. Este estudio descriptivo consideró una muestra por conveniencia de 27 pacientes. La relación entre mordida cruzada posterior unilateral y preferencia masticatoria se evaluó con el protocolo de Piancino. La anatomía mandibular se evaluó utilizando una escala desarrollada por Gómez et al. Las características transversales de la oclusión se determinaron según la extensión de la mordida cruzada posterior unilateral Se aplicaron pruebas de signifcancia de Chi2 entre las variables categóricas y prueba no parámétrica de Wilcoxon para las variables continuas. Resultados. Veinticuatro pacientes presentaron mordida cruzada posterior, coincidiendo en 24 de ellos el lado de la fisura con el lado de mordida cruzada. En el lado fisurado, la mordida cruzada predominante no incluía el primer molar permanente y en el lado sin fisura predomino la ausencia de mordida cruzada. La preferencia masticatoria sólo tuvo relación con el lado de la mordida cruzada. La simetría ósea mandibular de la muestra fue del 48% y la asimetría del 52%, relacionada ésta última en algunas medidas con el lado de la fisura y de la mordida cruzada. Conclusión. Los pacientes con fisura completa de labio y paladar unilateral presentan con frecuencia maloclusiones transversales con características que difieren de las que afectan a los pacientes sin este tipo de anomalía craneofacial.