A través de la historia, la evaluación educativa ha estado condicionada por contextos sociales, políticos, económicos y culturales específicos; lo que se traduce en cambios sujetos a diversas posiciones epistemológicas, concepciones del aprendizaje y al desarrollo de la didáctica y la pedagogía. Sin embargo, la especificidad epistemológica que adquiere la didáctica de las ciencias naturales, confiere especificidad a la evaluación, en términos de estructura, amplitud y complejidad. El trabajo presentado se centra en la auto-evaluación de aspectos conceptuales de la química, a través del mapa conceptual.El mapa conceptual es un instrumento cognitivo gráfico que tiene como objetivo representar las relaciones significativas entre conceptos a través de unidades semánticas o proposiciones. Metodológicamente se ha implementado en los siguiente sentidos: a) auto-evaluación de concepciones iniciales; b) auto-evaluación por diálogo entre pares; y c) evaluación de mapas conceptuales pre-diseñados. Es posible asumir al mapa conceptual como un reflejo de las estructuras conceptuales de los estudiantes y su importancia está en tanto instrumento de evaluación. En este proceso se da al estudiante posibilidades para auto-evaluarse a nivel conceptual y elementos para la autonomía centrando el trabajo en sí mismo y extendiéndose hacia el trabajo entre pares