El agua de mar refinada aparece en la literatura científica reciente como una potencial ayuda terapéutica en el tratamiento de varias enfermedades en humanos y animales por su contenido de minerales y oligoelementos. En Colombia, Nicaragua y España se utiliza de forma natural por recogida de la orilla e ingesta; sin embargo, esto puede representar un riesgo para la salud por los problemas de contaminación microbiológica y química. Los tratamientos de control microbiano del agua de mar permiten mejorar su calidad microbiológica. Objetivo: comparar la eficiencia de tres métodos de control microbiano: microfiltración, exposición solar y cuarentena. Metodología: se recolectaron 30 muestras de agua de mar en recipientes de polietileno de alta densidad con capacidad de 20 litros, en tres lugares diferentes de la costa atlántica colombiana. Resultados: de 30 muestras recolectadas, 15 resultaron con enterobacterias como E. coli y bacterias halófilas como Vibrio y Aeromonas. La microfiltración a través de cerámica de 0,5 µm produce una desinfección de 100% de las muestras, mientras que la cuarentena por cinco meses y la desinfección solar son efectivas en 66 y 21% respectivamente. Esta última requiere de ciertas condiciones climáticas para alcanzar la desinfección y solo permite el manejo de pequeños volúmenes. Discusión: Respecto de la contaminación química en ciertos lugares, que no es controlable por los métodos de desinfección, se recomienda recoger el agua en altamar, en lugares limpios, y realizar la microfiltración.